آيت الله جعفر سبحانى از مراجع عظام تقليد خاستگاه انديشه هاى محمد مجتهد شبسترى را كلام كاتوليك و انديشه هاى منسوج ماركسيستى برشمرد و آن را در راستاى برنامه اسلام زدايى غرب دانسته است.

وى در اظهارنظرى مكتوب به سخنان اين نوانديش به اصطلاح دينى آورده است: اين نوانديش به هنگام اقامت در آلمان شب ها به درس كلام مسيحى مى رفته و از آن تأثير پذيرفته است و دقيقاً نظريه كاتوليك ها درباره پيامبر(ص) را بازگو كرده است كه اصل دين ساخته بشر است. همچنين اين نوانديش دينى تحت تأثير نوشته هاى ماركسيستى غربى قرار گرفته كه مردم ديروز همه چيز را از دين و دعا مى خواستند و امروز از علم و فلسفه.

آيت الله سبحانى افزوده: وى حتى مردم ۶۰ سال پيش تبريز را خرافى و عقب مانده معرفى كرده است و تنها ابتكارى كه در نوانديشى وى مشاهده مى گردد اين است كه عصمت پيامبران را زير سؤال برده، بلكه انكار كرده است.